Obecnie greckokatolicki. Wybudowany w pocz. XVI wieku, gotycki, orientowany, salowy, pięcioosiowy.
Kościół pochodzi z 1681 r. Wybudowany został na miejscu kaplic, które ulegały zniszczeniom z upływem czasu albo w wyniku toczących się wojen. Pierwszą, zbudowaną w 1437 r. kaplicę zniszczyły wojska krzyżackie, którymi dowodził Henryk Reuss von Plauen w 1455. Została ona jednak odbudowana w 1583 r. i rok później poświęcona przez biskupa Kromera. Blisko wiek później – w 1678, Urban Alshutt, beneficjat tej kaplicy przeznaczył cały swój majątek aby poddać ją gruntownej przebudowie. Zwiększono jej rozmiar ponad dwukrotnie, w wyniku czego w 1681 r. powstał budynek kościoła znany obecnie. Jest on murowany z cegły o układzie gotyckim. W 1685 umieszczono w nim niewielkie organy.
Pierwszym wikariuszem kościoła pw. Świętej Trójcy Nowego Miasta Braniewa był ks. Jan Klefeld. W 1858 r. kościół został wydzierżawiony gimnazjum braniewskiemu a podczas Kulturkampfu był przez kilka lat okupowany przez starokatolików. W 1937 r. przy kościele zorganizowano samodzielną parafię. W trakcie II wojny światowej uszkodzony nieznacznie i do 1956 r. odbudowany.
Obecnie kościół należy do Parafii Greckokatolickiej pw. Trójcy Świętej w Braniewie erygowanej w 1992 r.
Źródło: S. Achremczyk, A. Szorc, Braniewo, Olsztyn 1995
M Arszyński, M. Kutzner, Katalog Zabytków Sztuki w Polsce, 1981